Часовня в честь Тихвинской иконы Божией Матери была торжественно заложена 18 (31) августа 1898 года, и спустя чуть больше года, в 1899 году, освящена протоиереем Андреевского собора о. Иоанном Кронштадтским.
В конце XIX века, благодаря широко известной деятельности Иоанна Кронштадтского, в Кронштадт съезжалось много верующих паломников со всей России. Андреевский собор не вмещал всех желающих туда попасть. Идея, появившаяся еще в 60-х годах, о строительстве часовни у Андреевского собора была поднята и реализована благодаря энергии протоиерея А. И. Таратина. Часовня в честь Тихвинской иконы Божией Матери была построена как уменьшенная копия Андреевского собора середины XIX века по проекту выдающегося Санкт-Петербургского епархиального архитектора — Н. Н. Никонова.
В конце 1931 года часовня была разрушена, а в начале 1932 года был взорван и разобран Андреевский собор.
Стараниями многих замечательных людей часовня была возрождена. К 180-летию со дня рождения Св. праведного Иоанна Кронштадтского, 1 ноября 2009 года, в Кронштадте, состоялось знаменательное событие – открытие вновь воссозданной часовни в честь Тихвинской иконы Божией Матери. Это событие стало символом осуществления надежд на грядущее возрождение взорванного храма – Андреевского собора, в котором о. Иоанн Кронштадтский служил в течение 53 лет. Закладку возрождённой часовни в сентябре 2008 года совершил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. 12 июня 2009 г. строящуюся часовню посетил новый Патриарх Московский и всея Руси Кирилл. И уже окончательно восстановленную часовню освятил епископ Петергофский Маркелл.
Основным вдохновителем и координатором нового строительства часовни явился настоятель Владимирского и Морского Николаевского соборов протоиерей Святослав Мельник. Стараниями С.Ш. Учанейшвили был создан эскизный проект воссоздания часовни. С. А. Дятлов получил необходимые первоначальные согласования. Руководители РСУ-103 А.В. Ефимов и В. А. Матяшов произвели общестроительные работы по воссозданию Тихвинской часовни на благотворительной основе, а Юрий и Дмитрий Саулиди (компания «Адмирал – Терминал-СВ») взяли на себя, в качестве благотворительности, финансирование на проведение всех внутренних строительных работ.
В убранство часовни-храма внесли свой достойный вклад Почетный гражданин Кронштадта Галина Вишневская, которая была очевидицей её разрушения в 1931 году, и ее дочь Ольга Ростропович, подарившие Тихвинской часовне иконостас. Иконостас был спроектирован и выполнен под руководством архитектора Григория Ткачука. Иконописные работы выполнил Андрей Беляев, который создал для часовни в общей сложности 19 икон в академическом стиле (стиль «классицизм») – 14 икон для иконостаса, алтарный образ «Воскресение», икону Св. Прав. Иоанна Кронштадтского, Тихвинскую икону Божией Матери, парные иконы Св. Николая Чудотворца и Св. Блгв. кн. Александра Невского и Св. Матроны Московской и Св. Ксении Петербургской.