Храм на территории Морского госпиталя в г. Кронштадте был построен в 1905 г. по инициативе главного врача В. И. Исаева на средства петербургского купца А. И. Юркина. Проект составил архитектор В. А. Косяков, работавший тогда над сооружением Морского собора. Церковь была освящена 18 декабря 1905 г. о. Иоанном Кронштадтским во имя святителя Николая Чудотворца.
К началу 1924 г. церковь закрыли, колокола звонницы отправили в переплавку, а помещение передали в ведение администрации госпиталя для организации клуба юных пионеров. В послевоенные годы помещение использовалось в качестве ритуального зала для прощания с покойными. К нашему времени здание сохранилось, однако внутреннее убранство было полностью уничтожено за исключением керамической облицовки пола алтарной части храма.
Через 105 лет со дня освящения храм был возрожден в новом качестве. Юрий и Дмитрий Саулиди (и компания «Адмирал – Терминал-СВ»), взяли на себя ответственность за восстановительные работы на благотворительной основе. 19 декабря 2010 г. состоялась торжественная литургия, которую провел епископ Гатчинский Амвросий в сослужении настоятеля храма Св. Анастасия из греческого города Нафплион отца Марка и других священнослужителей.
Для благоукрашения храма были привлечены художники из разных областей монументального и декоративно-прикладного искусства. При воссоздании храма было решено расписать стены и купол храма в греческо-византийском стиле. Проект росписей разработали Андрей Беляев и Лариса Захарова. Росписи храма были выполнены под руководством Андрея Беляева. Новый храм обрел также новый иконостас (архитектор Г. Ткачук, иконопись – А. Беляев), витражи, кованый хорос и другие уникальные предметы церковного убранства.